Le protagoniste Prison Break - Le jeu est l'agent de Société Tom Paxton. Il est envoyé dans le pénitencier de Fox River pour découvrir pourquoi Michel Scofield (le héros de la série de TV), un homme sans un casier judiciaire précédent, est devenu un voleur bancaire. Le scénario est parallèle à la première saison Prison Break : Paxton rencontre plusieurs personnages de la série et révit des événements clé pour lui.